一、局部与整体相结合：秦氏御医消瘤疗法认为肿瘤虽然生长在身体局部，但它毕竟是全身性疾病，归根到底是由于内外因的工作作用导致人体基因表达紊乱，细胞变异而产生，而肿瘤细胞又具有繁殖快、爱浸润、易扩散转移的特性，因此想要治愈肿瘤，必须铲除它生长的土壤，即改善人体的内环境才是根本。因此，对肿瘤的治疗，仅仅靠手术和放疗这些局部治疗手段是不可以的，因此“秦氏御医消瘤法”坚持西医局部治疗与中医整体治疗相结合，实现了标本兼治，让病人少走了弯路，实现了远期康复。
二、扶正与祛邪相结合：“扶正与祛邪”历来是中医治疗的重要原则。但是多年来，肿瘤治疗一直都奉行的是西医手术和放、化疗三大手段，而这三大治疗手段归根到底都是在追求消除肿块、杀灭肿瘤细胞这一祛邪治标方面，却忽略了扶正固本这个方面。因此，实际上很多肿瘤患者不是死于肿瘤本身，而是死于过度治疗，弄的人财两亡。“秦氏御医消瘤法”经过几百年的临床实践，证明扶正是祛邪的基础，祛邪是扶正的保证，治疗肿瘤必须在强有力的祛邪消瘤的同时进行补益扶正，消除肿瘤产生的土壤，才能有效防止复发与转移，“以人为本，减轻痛苦，提高生活质量”，才是治疗中晚期肿瘤的重要目的所在。
三、中医与西医相结合：在恶性肿瘤至今无法治愈的今天，任何治疗手段和药物都是一个不错的选择，只有取长补短、互补互利，综合治疗，才能提高治疗效果，实现远期康复的目标。秦院长认为，纵然老祖宗治癌经验再宝贵再有效，也不乏有不足之处，如果不求发展，固步自封，那终将还是历史遗物，只有把老祖宗的治病精髓发扬光大，才能让中医药在肿瘤治疗上绽放光彩。于是，秦院长用自己20多年的大量中医治疗经验与现代医疗科技成果相结合，充实和提升了秦氏御医消瘤法，该疗法完全体现了中医与西医的完美结合，也有效体现了现代肿瘤综合治疗的理念。